为了强化水环境保护属地管理责任，促进上下游协同治水，确保一江清水供京津”，商洛市生态环境局市财政局结合实际，创新举措，制定了《商洛市丹江等流域水污染补偿实施方案（试行）》，建立了流域水污染补偿制度。
第八条省人民政府应当通过资金补偿、产业转移、对口协作等方式，建立健全对于饮用水水源保护区区域和江河、湖泊、水库上游地区的水环境生态保护补偿机制，实行河流断面水质污染补偿制度。
但是排污费制度自身存在着执法刚性不足、行政干预较多、强制性和规范性较为缺乏等问题，特别是近年来环境污染日益成为老百姓关注的热点问题，推行更有效的环境污染补偿制度势在必行。
同时，陕西省还严格落实渭河上下游污染补偿制度，2012年和2013年，省级共收缴水污染补偿款6500万元，全部用于渭河污染治理。三年行动方案实施以来，渭河水质持续改善，出现了由量到质的变化。
在渭河治理中实施了跨省区上下游污染补偿制度，开创了全国水污染补偿的先河，有力推动了渭河治理步伐;率先在西部开展排污权交易，改变了环境资源无偿占有为有偿使用，促使企业由被动减排转变为主动减排，从而达到减污增效的目的
