医疗废物废水处置是疫情防控工作中的重要环节，市生态环境局加大工作力度，强化医疗废物和医疗废水处置监管，确保医疗废物日产日清，医疗废水达标排放。疫情发生以来，全市共安全处置医疗废物1462.16吨。
市生态环境局编制11个工作指引和7个管理文件，规范了医疗废物投放、收集、贮存、运送、处置、监管全过程管理工作，通过开发医疗废物智慧监管信息系统、每日对医疗废物收运处置进行督查报告以及建立环保监管人员对益盛环保公司（医疗废物处理单位）、医疗机构与集中管理点“一对一”监管服务，实现了益盛环保公司、市第三人民医院、49家发热门诊、95个集中隔离观察点医疗废物处理处置的全过程跟踪管理。
据统计，
1月20日至3月5日，全市收运处置医疗废物1462.16吨，其中高感染性医疗废物411.79吨，医疗机构废水处理站污泥23.21吨，有效确保了医疗废物废水百分之百安全处置，切实做到了不留一桶、不留一克。
针对2月1日市第三人民医院在确诊患者的粪便中检测出病毒RNA阳性的情况，市生态环境局立即组织相关专家开展应对研究，迅速出台《深圳市新型冠状病毒感染的肺炎疫情医疗污水和城镇污水处理强化杀菌消毒工作指引（试行）》。
对医疗污水处理设施、疫情发生小区、污水处理厂、分散式处理设施等强化消杀要求；
严控排入市政管网的粪大肠菌群指标，同时对“厕所-化粪池-医疗污水处理设施-污水管网-污水处理厂-排放水体”实施全链条管控；
确保定点医院、发热门诊、隔离观察点、疫情发生小区等源头消杀一个不漏，确保污水管网、观察井、溢流风险点等中间防控一个不漏
确保医疗污水处理设施、污水处理厂、分散式处理设施等末端监管一个不漏，坚决阻断“粪口传播”。
