长期以来受拦河筑坝、水域污染、过度捕捞、航道整治、挖砂采石等活动影响，长江水域生态功能明显退化，生物资源衰退和生物多样性下降等问题凸显。...以长江流域为例，长期以来受拦河筑坝、水域污染、过度捕捞、航道整治、挖砂采石等活动影响，长江水域生态功能明显退化，生物资源衰退和生物多样性下降等问题凸显。此外，渔业生产也受到严重影响。
2017年7月22日，长江航运公安局芜湖分局铜陵派出所接到举报称，有人将危险废物和固体废物非法转移倾倒至铜陵江边滩涂、大堤。民警现场勘查提取到红褐色土壤，后经鉴定为危险废物，严重威胁长江水域生态环境。
（五）优化完善生态调度。深入研究长江干支流水库群蓄水及运行对长江水域生态的影响，开展基于水生生物需求、兼顾其他重要功能的统筹综合调度，最大限度降低不利影响。
